Penyakit utama yang kerap mengintai tanaman paprika pada musim hujan meliputi antraknosa, busuk akar Phytophthora, layu bakteri, dan bercak daun serkospora. Penularan sporanya sangat cepat karena terbantu oleh percikan air hujan serta angin kepingan tanah. Pengelolaan kanopi tanaman melalui perempelan daun bawah setinggi 30 cm dari permukaan tanah setiap 7 hingga 10 hari sekali menjadi langkah awal yang sangat penting untuk mengurangi kelembapan micro di sekitar perakaran.
Kondisi tanah yang jenuh air akibat drainase buruk juga mempercepat pembusukan jaringan pembuluh tanaman. Pemberian kapur pertanian atau dolomit sebanyak 100 hingga 200 gram per meter persegi saat pengolahan tanah sangat direkomendasikan untuk mempertahankan pH tanah ideal pada kisaran 6,0 hingga 6,8. pH tanah yang stabil mampu menekan perkembangan bakteri jahat seperti Ralstonia solanacearum yang memicu layu mendadak pada tanaman yang sedang berbuah produktif.
Pengendalian penyakit paprika harus memadukan praktik sanitasi kebun yang ketat dengan penggunaan bahan hayati. Pemasangan mulsa plastik hitam perak pada bedengan setinggi 30 hingga 40 cm efektif mencegah percikan sporik dari tanah ke daun. Aplikasi agen hayati antagonis seperti Trichoderma spp. atau Bacillus subtilis yang dikocorkan setiap 7 hari sekali terbukti efektif membentengi sistem perakaran paprika dari infeksi patogen tular-tanah sepanjang musim hujan.
