Penyebab tanaman labu layu tidak selalu karena kekurangan air, melainkan bisa disebabkan oleh serangan patogen tanah seperti Fusarium oxysporum atau Ralstonia solanacearum. Untuk membedakannya, potong bagian pangkal batang tanaman yang layu lalu celupkan ke dalam gelas berisi air bersih selama 5 menit; jika keluar lendir putih seperti benang, itu menandakan serangan layu bakteri.
Penanganan awal untuk layu akibat kekeringan adalah penyiraman rutin sebanyak 2 sampai 3 liter per lubang tanam yang dilakukan setiap jam 06.00 pagi. Pembuatan mulsa jerami setebal 5 centimeter di sekitar piringan tanaman sangat efektif menekan penguapan air tanah selama musim kemarau berlangsung.
Jika tanaman terkonfirmasi terserang layu fusarium atau layu bakteri, segera cabut dan bakar tanaman yang sakit agar tidak menular ke tanaman sehat di sekitarnya. Lakukan rotasi tanaman dengan keluarga jagung atau legum selama 2 hingga 3 musim tanam berturut-turut untuk memutus siklus hidup patogen di dalam tanah.
