Pada musim kemarau, tingkat kelembapan udara yang rendah memicu lonjakan populasi hama pengisap seperti kutu daun dan tungau. Pengisapan cairan sel tanaman menyebabkan daun menggulung, kerdil, dan pertumbuhan terhenti dalam waktu 7 hingga 14 hari. Sebaliknya, saat intensitas hujan tinggi, serangan lalat buah dan ulat grayak menjadi ancaman utama yang merusak buah labu muda serta mengundang infeksi sekunder dari cendawan atau bakteri.
Pengendalian hama labu memerlukan pendekatan Pengendalian Hama Terpadu (PHT) yang memadukan sanitasi lahan, pemangkasan daun tua setiap 10 hari sekali, dan pemasangan perangkap fisik. Pemasangan perangkap kuning berperekat sebanyak 20 hingga 30 buah per hektar efektif menekan populasi kutu dan lalat dewasa. Selain itu, pembungkusan buah labu muda dengan kertas transparan atau jaring halus saat berdiameter 3 sampai 5 sentimeter terbukti mencegah serangan lalat buah secara signifikan.
Pemantauan secara berkala dan tindakan pencegahan sejak persemaian hingga fase pembuahan sangat menentukan keberhasilan panen labu. Integrasi antara penggunaan tanaman penutup tanah, rotasi tanaman non-Cucurbitaceae setiap 2 musim tanam, serta aplikasi agen hayati akan menjaga keseimbangan ekosistem lahan. Jika populasi hama melebihi ambang ekonomi, penggunaan pestisida terdaftar harus dilakukan secara bijak sesuai petunjuk penggunaan.
