Gejala awal yang sering luput dari pengamatan adalah daun labu yang tampak layu pada siang hari yang terik, namun kembali segar pada malam atau pagi hari. Seiring berjalannya waktu, daun bagian bawah akan menguning secara bertahap dan layu permanen. Jika tanaman dicabut, akar yang sehat berwarna putih bersih akan berubah menjadi cokelat kehitaman, lembek, berbau busuk, serta kehilangan akar-akar halus pencari nutrisi. Pangkal batang di dekat permukaan tanah juga sering terlihat mencokelat dan menggenting.
Pencegahan yang paling efektif dilakukan melalui pengaturan teknis budidaya tanah. Buatlah guludan atau bedengan dengan tinggi minimal 40 hingga 50 cm dan lebar 100 cm, serta jaga jarak antarbedengan sekitar 2 hingga 3 meter. Parit drainase di antara bedengan harus dibuat sedalam 50 cm agar air hujan langsung mengalir keluar dari area pertanaman dan tidak mengendap di sekitar zona perakaran labu.
Pengendalian hayati juga sangat dianjurkan sejak awal olah tanah. Campurkan bahan organik seperti kompos yang telah diperkaya agen hayati antagonis sebanyak 100 hingga 200 gram per lubang tanam saat pemupukan dasar. Selain itu, terapkan rotasi tanaman dengan jenis non-Cucurbitaceae, seperti jagung atau kacang tanah, selama 2 hingga 3 musim tanam berturut-turut untuk memutus siklus hidup jamur patogen di dalam tanah.
