Penyebab utama dari masalah ini umumnya berasal dari serangan cendawan tanah seperti Pythium sp. dan Rhizoctonia sp. Gejala awal ditandai dengan perubahan warna akar dari putih bersih menjadi cokelat atau hitam kebasah basahan, diikuti layunya daun pada siang hari meski kondisi tanah sangat basah.
Penanganan teknis pada lahan sangat penting dengan cara memperbaiki sistem saluran air. Buatlah bedengan dengan ketinggian 30 hingga 40 cm dan parit drainase seluas 20 cm di sekeliling bedengan agar air hujan dapat mengalir lancar dalam waktu kurang dari 30 menit setelah hujan reda.
Selain perbaikan drainase, tingkatkan kesehatan tanah dengan mengaplikasikan agen hayati Trichoderma sebanyak 10 hingga 20 gram per meter persegi saat pengolahan tanah. Langkah pencegahan ini mampu menekan risiko pembusukan akar dan menjaga kangkung tetap siap dipanen pada umur 21 hingga 25 hari setelah tanam.
