Penyebab utama busuk akar kangkung adalah cendawan Pythium atau Rhizoctonia. Ciri Pythium: akar tampak basah seperti direbus, batang leher akar menyempit. Rhizoctonia: akar kering kecoklatan, ada miselium putih. Kedua cendawan ini menyebar cepat di tanah basah dan drainase jelek.
Penyebab lain adalah bakteri (Erwinia) yang menyebabkan busuk basah berbau busuk, biasanya setelah luka mekanis atau serangan hama. Juga bisa karena kelebihan air (genangan) tanpa patogen, akar lemas dan pucat. Perhatikan ciri fisik dan bau untuk membedakan.
Solusi utama: perbaiki drainase dengan bedengan tinggi 30 cm. Di musim hujan, kurangi frekuensi penyiraman (cukup 2-3 hari sekali jika hujan deras). Gunakan mulsa jerami untuk mengurangi percikan air. Rotasi tanaman dengan kacang-kacangan minimal 2 musim. Untuk cendawan, gunakan agens hayati Trichoderma (baca label). Hindari pupuk nitrogen berlebihan. Cabut tanaman sakit dan bakar.