Penyakit karat putih yang disebabkan oleh organisme menyerupai jamur Albugo ipomoeae-aquaticae menjadi musuh utama petani kangkung saat intensitas hujan tinggi. Gejala khasnya berupa pustul atau benjolan putih keruh di permukaan bawah daun yang berpasangan dengan bercak kuning pucat di bagian atas, yang jika dibiarkan dapat merusak hingga 70 persen hasil panen dalam waktu 4 hari.
Selain karat putih, kebasahan tanah berlebih akibat curah hujan harian memicu munculnya bercak daun Cercospora serta busuk pangkal batang. Keadaan tanah yang tergenang air selama lebih dari 6 jam menyebabkan akar kangkung kekurangan oksigen, sehingga tanaman menjadi mudah layu, menguning, dan akhirnya membusuk sebelum mencapai usia panen 25 hari.
Penanganan penyakit kangkung secara terpadu dimulai dengan menjaga kebersihan lahan dari gulma, mengatur jarak tanam setidaknya 10 hingga 15 sentimeter, dan menerapkan sistem drainase bedengan setinggi 25 sentimeter. Kombinasi sanitasi yang disiplin dan pemberian bahan hayati pengendali sejak olah tanah awal terbukti efektif menekan risiko kehilangan hasil secara signifikan.
