Ancaman utama saat musim hujan adalah antraknosa atau patek yang disebabkan oleh jamur Colletotrichum. Gejala khasnya berupa bulatan cekung kecokelatan pada buah cabai yang meluas dan membusuk, yang dapat memangkas hasil panen hingga 80 persen apabila tidak ditangani dengan sanitasi ketat setiap 3 hari sekali.
Penyakit layu juga sering mematikan tanaman secara mendadak. Layu bakteri ditandai dengan layunya daun segar secara cepat saat siang hari dan jaringan pembuluh akar berwarna cokelat basah, sedangkan layu fusarium akibat jamur berkembang lebih lambat dengan penguningan daun bawah secara bertahap dari tulang daun.
Untuk menekan perkembangan patogen tanah, petani disarankan membuat bedangan setinggi 50 sampai 60 cm dan memasang mulsa plastik hitam perak. Pemangkasan daun tua di bagian bawah sejauh 30 cm dari permukaan tanah juga efektif meningkatkan sirkulasi udara dan menurunkan kelembapan kanopi tanaman.