Langkah awal pengendalian adalah membedakan jenis infeksi melalui pemeriksaan fisik tanaman secara cermat di lahan. Pada musim hujan, bedengan idealnya ditinggikan menjadi 40 hingga 50 cm dengan jarak tanam yang diperlebar menjadi 50x60 cm untuk meminimalkan kelembapan mikro di sekitar tajuk tanaman cabai.
Sanitasi lahan secara berkala merupakan kunci utama penekanan patek dan layu. Petani wajib memetik buah yang terinfeksi dan mencabut tanaman mati setiap 2 sampai 3 hari sekali, lalu memusnahkannya jauh dari area kebun agar spora jamur tidak terbawa angin atau percikan air hujan.
Penguatan imun tanaman dapat dilakukan dengan aplikasi agens hayati seperti Trichoderma sebanyak 20 gram per lubang tanam yang diulang setiap 14 hari sekali. Selain itu, penambahan unsur kalsium dan kalium melalui semprotan daun sebulan 2 kali akan mempertebal dinding sel buah cabai sehingga tidak mudah ditembus spora.
