Pada musim kemarau yang berlangsung antara bulan April hingga Oktober, populasi hama pengisap melonjak cepat akibat suhu udara yang hangat berkisar 30 hingga 33 derajat Celsius. Thrips dan tungau kuning aktif menyerang pucuk muda serta permukaan bawah daun cabai. Gesekan dan hisapan hama ini menyebabkan jaringan daun rusak, berwarna keperakan, hingga akhirnya mengering dan menggulung.
Memasuki musim hujan pada bulan November hingga Maret, kelembapan udara yang tinggi memicu peningkatan aktivitas lalat buah dan ulat grayak. Lalat buah betina menusuk dan menyuntikkan telurnya ke dalam buah cabai muda berumur 45 hingga 60 hari setelah tanam. Larva yang menetas di dalam jaringan buah akan memakan daging cabai hingga busuk dan gugur sebelum siap dipanen.
Pengendalian hama secara terpadu dapat dilakukan dengan mengombinasikan pemasangan perangkap kuning berkatul sebanyak 40 hingga 50 lembar per hektar, penanaman tanaman pemikat seperti bunga marigold di sekeliling bedengan, serta penyemprotan pestisida nabati berbahan ekstrak daun mimba atau tembakau setiap 7 hari sekali untuk menekan populasi hama di bawah ambang kendali.