Hama penusuk dan penghisap seperti kutu daun, thrips, dan tungau sering menyerang pucuk muda serta permukaan bawah daun cabai rawit. Populasi thrips biasanya melonjak pesat pada musim kemarau dengan suhu udara di atas 30 derajat Celsius, menyebabkan daun berwarna keperakan dan menggulung ke atas. Sementara itu, tungau merah lebih menyukai kondisi hangat lembap dan membuat daun kaku melengkung ke bawah serta berwarna kekuningan.
Hama penggerek seperti ulat grayak dan lalat buah menjadi ancaman serius pada fase pembuahan, terutama saat curah hujan mencapai 200 mm per bulan. Lalat buah betina menyuntikkan telur ke dalam buah cabai muda berukuran 1 hingga 3 cm, menyebabkan buah membusuk dan gugur sebelum waktunya. Dalam seminggu, tingkat kerontokan buah akibat lalat buah dapat mencapai 50 kg per hektar jika tidak dilakukan tindakan sanitasi lahan secara konsisten.
Pengendalian hama yang efektif menggabungkan teknik kultur teknis, fisik, dan hayati sebelum menggunakan opsi kimiawi secara bijak. Pemasangan perangkap kuning berperekat sebanyak 40 buah per hektar serta pemangkasan tunas air 1 kali seminggu efektif mengurangi populasi serangga dewasa. Kombinasi penyemprotan agens hayati Beauveria bassiana setiap 7 hari sekali mampu menekan tingkat kerusakan tanaman hingga di bawah 10 persen secara aman.
