Penyakit antraknosa (Colletotrichum spp.) ditandai bercak coklat kehitaman pada buah dan daun, sering muncul setelah hujan deras. Layu bakteri (Ralstonia solanacearum) menyebabkan layu permanen meski tanah lembab. Virus kuning (begomovirus) membuat daun menguning, keriting, dan tanaman kerdil.
Untuk antraknosa, segera buang buah dan daun terinfeksi lalu semprot fungisida berbahan aktif tembaga sesuai label. Layu bakteri tidak bisa disembuhkan; cabut tanaman sakit dan tabur kapur dolomit di lubang tanam. Virus kuning dikendalikan dengan mengendalikan vektor kutu kebul (Bemisia tabaci) menggunakan insektisida nabati atau kimia sesuai rekomendasi BPP setempat.
Pencegahan lebih baik: gunakan varietas tahan seperti Cabai Rawit Unggul, atur drainase, tanam dengan mulsa plastik, dan rotasi tanaman dengan kacang-kacangan. Jangan menanam cabai di lahan bekas terong atau tomat karena risiko patogen tanah tinggi.