Penyebab paling umum dibagi menjadi faktor nutrisi dan serangan patogen. Defisiensi unsur hara mikro dan makro, terutama Nitrogen dan Magnesium, sering terjadi akibat pemupukan yang tidak seimbang. Pada tanaman umur 30 hingga 60 hari setelah tanam, kekurangan Nitrogen memicu kuning seragam pada daun tua, sedangkan kekurangan Magnesium ditandai dengan tulang daun yang tetap hijau sementara area antar-tulang daun menguning terang.
Ancaman kedua yang sangat masif di musim kemarau adalah serangan Virus Kompleks atau Virus Gemini (penyakit kuning) yang ditularkan oleh vektor kutu kebul. Hama kutu kebul berkembang biak 2 kali lebih cepat saat curah hujan di bawah 100 mm per bulan, mengisap cairan daun, dan menularkan virus sehingga seluruh helai daun baru berubah menjadi kuning cerah cerlang dengan bentuk menebal serta mengerut.
Selain nutrisi dan penyakit, manajemen penyiraman yang buruk pada musim kemarau juga memicu gejala menguning. Kekurangan air berlanjut selama 3 hingga 5 hari berturut-turut membuat perakaran kehilangan kemampuan menyerap hara, memicu pembuangan daun tua secara alami oleh tanaman. Sebaliknya, penyiraman berlebihan hingga tanah becek dan tergenang lebih dari 24 jam memicu pembusukan akar halus yang menunjukkan gejala kuning layu secara mendadak.
