Fase awal atau fase pembibitan (0 hingga 2 bulan setelah tanam) bertumpu pada penyediaan pupuk dasar. Saat pengolahan tanah, berikan pupuk kandang sapi atau kambing yang telah terfermentasi sempurna sebanyak 1,5 hingga 2 kilogram per lubang tanam atau sekitar 15 ton per hektar. Ditambahkan pula pupuk sumber fosfat organik atau pupuk dasar berimbang untuk merangsang perakaran yang kuat. Pemberian bahan organik ini harus dilakukan 2 minggu sebelum bibit ditanam agar kondisi tanah stabil dan mikroorganisme tanah aktif.
Masuk ke fase vegetatif aktif dan pembentukan anakan (2 hingga 5 bulan setelah tanam), lengkuas membutuhkan pasokan nitrogen dan kalium secara berkala. Aplikasi pupuk susulan dilakukan setiap 30 hari sekali dengan dosis 300 hingga 500 gram pupuk organik padat per rumpun, atau disiram pupuk organik cair setiap 2 minggu sekali. Pembumbunan tanah setinggi 5 hingga 10 sentimeter juga perlu dilakukan secara bersamaan dengan pemupukan susulan ini untuk menutup rimpang muda yang mulai muncul di permukaan.
Fase pembesaran rimpang terjadi pada umur 5 hingga 8 bulan setelah tanam, di mana kebutuhan kalium meningkat tajam untuk mentransfer karbohidrat ke dalam rimpang. Pada fase ini, berikan pupuk tinggi kalium seperti abu janjang kelapa sawit atau pupuk kalium berimbang sebanyak 20 hingga 30 gram per rumpun pada bulan ke-5 dan ke-7. Memasuki bulan ke-9 hingga menjelang panen di bulan ke-10 atau 12, pemupukan nitrogen harus dihentikan sepenuhnya untuk mencegah rimpang menjadi terlalu berair dan rentan terserang pembusukan.
