Busuk rimpang disebabkan oleh jamur Pythium atau Fusarium. Ciri khasnya: daun menguning dari pangkal, layu mendadak, dan rimpang lunak berair berbau busuk. Jika rimpang dibelah, terlihat jaringan coklat kehitaman. Penyakit ini menyebar cepat saat drainase buruk. Sebaliknya, bercak daun akibat jamur Colletotrichum atau Cercospora hanya menyerang daun: bercak bulat kecil coklat dengan tepi kuning, kemudian meluas dan mengering. Rimpang tetap sehat.
Untuk membedakan, periksa pangkal batang dan rimpang. Jika rimpang masih keras dan putih, kemungkinan hanya bercak daun. Jika rimpang lunak dan berbau, itu busuk rimpang. Jangan mencampur kedua penyakit karena penanganannya berbeda. Pada bercak daun, cukup perbaiki sirkulasi udara dan kurangi naungan. Pada busuk rimpang, perlu tindakan lebih intensif.
Pencegahan lebih baik daripada mengobati. Tanam lengkuas di bedengan tinggi dengan drainase baik. Jarak tanam 40x40 cm. Saat musim hujan, kurangi penyiraman dan hindari genangan. Jika sudah terinfeksi, segera cabut tanaman sakit dan bakar. Jangan kompos karena jamur bisa bertahan. Untuk pengendalian hayati, gunakan Trichoderma sp. yang diaplikasikan ke tanah sebelum tanam. Hindari penggunaan fungisida kimia tanpa konsultasi dengan penyuluh setempat.