Serangan penyakit bercak daun jamur biasanya meningkat tajam saat tingkat kelembapan udara di sekitar pertanaman melonjak di atas 85 persen. Daun tanaman lengkuas yang ditanam dengan jarak rapat kurang dari 50 cm x 50 cm menjadi sangat rentan karena sirkulasi udara terhambat dan tajuk daun terus-menerus basah oleh guyuran air hujan.
Layu bakteri dan busuk rimpang akibat jamur kerap mengecoh para petani karena keduanya menunjukkan gejala awal yang serupa, yaitu daun menguning dan terkulai layu. Namun, pengamatan teliti pada kondisi rimpang serta bagian pangkal batang berjarak 5 cm dari permukaan tanah akan memperlihatkan perbedaan nyata antara lelehan lendir bakteri dan benang miselium jamur.
Tindakan pencegahan dengan membuat bedengan setinggi 30 hingga 40 cm serta parit drainase sedalam 50 cm sangat efektif menekan risiko pembusukan rimpang hingga 70 persen. Pengaplikasian agen hayati seperti Trichoderma sp. sebanyak 20 gram per lubang tanam sejak awal musim hujan juga membantu menjaga kesehatan perakaran secara alami.
