Gejala awal serangan busuk akar pada lengkuas sering kali diabaikan karena terjadi di dalam tanah, namun bisa diamati dari daun bagian bawah yang mulai menguning, layu, dan rontok secara perlahan. Jika rimpang dicabut, bagian dagingnya akan terlihat basah, berwarna cokelat kehitaman, berbau menyengat, dan mudah hancur saat ditekan.
Langkah penanganan darurat yang harus segera dilakukan adalah memangkas bagian rimpang yang terinfeksi menggunakan alat tajam steril hingga menyisakan jaringan sehat berwarna cerah. Setelah itu, aplikasikan perlakuan pada luka potongan menggunakan bahan alami penutup luka seperti abu sekam atau kapur pertanian untuk mencegah masuknya infeksi sekunder.
Untuk pencegahan jangka panjang di musim penghujan, pekebun wajib membuat guludan atau bedengan setinggi minimal 30 sentimeter dengan jarak tanam yang tidak terlalu rapat. Pemupukan berimbang dengan tambahan kompos matang setiap tiga bulan sekali juga sangat dianjurkan untuk meningkatkan ketahanan alami tanaman terhadap tekanan lingkungan.