Selain faktor cuaca, masalah layu pada lengkuas juga bisa dipicu oleh serangan organisme pengganggu tanaman yang menyerang bagian sistem perakaran. Penyakit layu fusarium atau infeksi bakteri tular tanah sering kali menyerang rimpang yang mengalami luka mekanis saat penyiangan atau akibat gigitan hama tanah. Kondisi tanah yang terlalu padat dan kurang memiliki drainase baik turut memperparah risiko kebusukan akar ketika petani mencoba menyiram tanaman secara berlebihan namun tidak merata.
Untuk mengatasi masalah ini secara tepat, petani perlu melakukan diagnosis diferensial di lahan dengan memeriksa kondisi fisik rimpang dan kelembapan media tanam secara berkala. Jika layu terjadi merata di seluruh kebun saat kemarau panjang, maka faktor kekurangan air adalah penyebab utama yang harus segera ditangani dengan teknik penyiraman yang lebih intensif. Namun, apabila layu hanya terjadi pada beberapa rumpun tertentu yang disertai rimpang busuk berbau, maka tindakan karantina dan sanitasi rumpun sakit mutlak diperlukan.
Penerapan manajemen pemeliharaan yang konsisten sangat menentukan pemulihan tanaman lengkuas yang mengalami layu di lahan pertanian maupun pekarangan rumah. Petani dianjurkan untuk memberikan lapisan mulia organik di sekeliling rumpun guna menekan penguapan air tanah selama musim kemarau dan menjaga kestabilan suhu mikro perakaran. Selalu jaga kebersihan kebun dari gulma kompetitor air dan pastikan pemupukan susulan menggunakan bahan organik matang diberikan dengan takaran pas agar ketahanan alami tanaman meningkat.