Langkah awal dalam menangani lengkuas layu adalah melakukan diagnosis diferensial secara cermat pada rumpun yang bermasalah. Jika daun lengkuas menggulung di siang hari lalu segar kembali saat malam, hal itu menandakan cekaman air biasa; sebaliknya, jika daun tetap layu terkulai hingga malam hari, kemungkinan besar terjadi gangguan sistemik pada perakaran atau rimpang.
Penyebab fatal layu menetap pada lengkuas umumnya terbagi dua, yaitu infeksi bakteri Ralstonia dan pembusukan rimpang oleh jamur tanah. Pada infeksi bakteri, potongan pangkal batang yang dicelupkan ke dalam air bersih selama 5 sampai 10 menit akan mengeluarkan massa lendir keruh, sedangkan serangan jamur ditandai dengan rimpang lunak berbau asam pada kedalaman tanah 10 hingga 20 centimeter.
Penanganan efektif membutuhkan kombinasi tindakan sanitasi lahan dan pengelolaan kelengasan tanah yang teratur. Pembersihan gulma dalam radius 50 centimeter dari pangkal batang serta pemijatan tanah dengan penambahan mulsa organik tebal 5 hingga 10 centimeter akan membantu menjaga kelembapan mikro tanah selama kemarau berlangsung.
