Hama pembatas utama pada fase vegetatif umur 2 hingga 5 bulan setelah tanam adalah ulat penggulung daun dan kutu daun. Ulat penggulung merusak estetika dan kapasitas fotosintesis dengan menggulung helaian daun muda menggunakan benang sutra, sedangkan kutu daun mengisap cairan tanaman pada permukaan bawah daun. Pengamatan rutin setidaknya 2 kali seminggu pada fase ini sangat penting untuk mencegah penurunan laju pertumbuhan tanaman.
Pada fase pembentukan rimpang umur 6 hingga 10 bulan, ancaman bergeser ke area bawah permukaan tanah dan pangkal batang semu. Serangan larva pengerek batang dan nematoda bintil akar sering kali tidak disadari petani hingga tanaman menunjukkan gejala menguning dramatis atau rebang. Kondisi tanah yang terlalu lembap dan tergenang air selama musim hujan memperparah tingkat kerusakan rimpang karena memicu infeksi sekunder oleh mikroorganisme pembusuk.
Pengendalian hama lengkuas secara terpadu mengutamakan tindakan preventif melalui pengaturan jarak tanam 50 cm x 60 cm, pembuatan gulut setinggi 30 cm, dan pembersihan gulma secara berkala setiap 14 hari sekali. Jika serangan hama melebihi ambang ekonomi, penggunaan agens hayati dan pestisida nabati yang ramah lingkungan harus menjadi pilihan utama sebelum mempertimbangkan intervensi kimiawi.
