Penanganan tanaman bawang putih layu memerlukan diagnosis yang akurat karena kelayuan dapat disebabkan oleh faktor biotik maupun abiotik. Penggenangan air irigasi yang berlebihan di saluran bedengan seluas 1 meter dapat memicu perkembangan cendawan tanah patogen dalam waktu 5 hingga 7 hari. Sebaliknya, tanah terasering yang mengering kaku hingga ke kedalaman 10 sentimeter akan merusak perakaran halus bawang putih sehingga penyerapan hara terhenti total.
Sebagai langkah pencegahan patogen tular tanah, petani disarankan mengaplikasikan agen hayati Trichoderma sp. sebanyak 10 sampai 20 gram per meter persegi bedengan atau dicampur dengan pupuk kandang matang dosis 10 hingga 15 ton per hektar pada 14 hari sebelum tanam. Pengolahan tanah yang sempurna serta pembalikan tanah secara berkala membantu mematikan spora jamur dan larva hama yang tersembunyi di dalam tanah.
Apabila serangan layu sudah muncul di pertanaman, tindakan sanitasi harus segera dilakukan dengan mencabut tanaman bergejala dan membakarnya di luar area lahan. Rotasi tanaman dengan komoditas bukan keluarga Allium, seperti jagung atau kacang tanah, minimal selama 2 hingga 3 musim tanam sangat efektif memutus siklus hidup organisme pengganggu tanaman.
