Layu bakteri akibat Ralstonia solanacearum dan layu fusarium akibat jamur Fusarium oxysporum merupakan dua pembunuh utama tanaman jahe. Layu bakteri ditandai dengan daun yang menggulung dan membiru kebasah-basahan lalu cepat mengering, serta rimpang yang mengeluarkan lendir berbau busuk saat dipotong. Sebaliknya, layu fusarium berkembang lebih lambat, dimulai dari daun bagian bawah yang menguning secara bertahap dengan berkas pembuluh rimpang berwarna cokelat tanpa disertai lendir berbau.
Pada musim kemarau, pengaturan intensitas penyiraman sebanyak 1 hingga 2 kali sehari dengan volume sekitar 2 liter air per meter persegi tanah sangat penting untuk mencegah stres air. Penggunaan naungan net atau peneduh sebesar 30 persen juga membantu menekan laju evapotranspirasi pada bibit berumur 1 sampai 4 bulan. Namun, jika layu disebabkan oleh patogen, penyiraman berlebihan justru akan mempercepat penularan spora jamur dan bakteri ke rumpun sehat di sekitarnya.
Pencegahan dan pengendalian terpadu harus segera diterapkan begitu gejala awal muncul di areal tanam. Tanaman yang terinfeksi berat harus segera dicabut dan dimusnahkan jauh dari area kebun. Aplikasi mikroorganisme hayati seperti Trichoderma harzianum atau Pseudomonas fluorescens pada media tanah secara berkala setiap 2 minggu sekali terbukti efektif menekan populasi patogen tular-tanah dan menjaga kestabilan sistem perakaran jahe.
