Diagnosis diferensial menjadi langkah awal yang sangat penting sebelum menentukan tindakan penanggulangan di lapangan. Layu akibat jamur Fusarium atau penyakit moler ditandai dengan daun yang memuntir, menguning dari ujung, serta umbi bawah yang membusuk berbau agak masam. Sebaliknya, layu bakteri Ralstonia menyebabkan tanaman terkulai mendadak saat siang hari meski warna daun masih hijau segar, dan pangkal batangnya mengeluarkan lendir bila dipotong.
Pengelolaan air penyiraman sangat krusial pada musim kemarau untuk menekan perkembangan penyakit layu tular tanah. Penyiraman sebaiknya dilakukan 2 kali sehari, yaitu pada pukul 06.00 pagi dan pukul 16.00 sore dengan volume 3 hingga 5 liter per meter persegi bedengan guna menjaga kestabilan suhu tanah. Hindari penggunaan pupuk nitrogen tunggal secara berlebihan karena dapat melunakkan jaringan dinding sel tanaman sehingga mudah ditembus agen penyakit.
Langkah pergiliran tanaman selama 1 hingga 2 musim tanam menggunakan komoditas non-inang seperti jagung atau kacang hijau sangat efektif memutus rantai hidup patogen. Aplikasi bahan organik matang yang diperkaya agens hayati seperti Trichoderma sp. atau Pseudomonas fluorescens sebanyak 10 hingga 20 ton per hektar saat pengolahan tanah awal akan memperkuat perakaran bawang merah dari infeksi sejak dini.
