Penyebab layu pada bawang merah sangat beragam, mulai dari infeksi jamur patogen Fusarium oxysporum, serangan bakteri Ralstonia solanacearum, hingga kerusakan akar akibat serangan ulat tanah atau larva lalat pengorok daun. Setiap penyebab memiliki ciri khas pada pangkal batang, sistem perakaran, dan kondisi umbi saat dicabut. Memahami perbedaan ini mencegah kesalahan tindakan dan pemborosan biaya pencegahan.
Langkah pemulihan dan pencegahan harus dilakukan secara terpadu melalui perbaikan drainase, pengaturan kelembapan tanah, dan penggunaan agens hayati Trichoderma sp. pada awal pengolahan tanah. Pemberian pupuk organik yang matang sempurna juga membantu menekan populasi jamur patogen dan meningkatkan ketahanan fisik tanaman bawang merah terhadap cekaman lingkungan.
Penyuluh pertanian setempat selalu menyarankan petani untuk melakukan rotasi tanaman dengan famili bukan sejenis guna memutus siklus hidup patogen di dalam tanah. Konsultasi rutin dengan petugas Balai Penyuluhan Pertanian (BPP) terdekat sangat dianjurkan untuk mendapatkan rekomendasi penanganan yang paling sesuai dengan kondisi spesifik lahan setempat.