Penyebab utama busuk akar adalah jamur patogen tular tanah seperti Rhizoctonia solani, Fusarium spp., dan Phytophthora spp. Ciri khas Rhizoctonia: miselium putih pada rimpang dan bercak coklat kering. Fusarium menyebabkan pembusukan basah dengan bau asam. Phytophthora memicu busuk air dengan warna coklat tua dan jaringan hancur. Semua patogen berkembang cepat di tanah becek dengan suhu 25-30°C.
Penyebab non-patogen juga perlu diwaspadai: drainase buruk, genangan air, dan penanaman terlalu dalam. Ciri pembeda: tanah selalu basah, rimpang tidak berbau busuk, dan akar tidak berlendir. Solusinya perbaiki drainase dengan bedengan tinggi (30-40 cm) dan kurangi frekuensi penyiraman. Pastikan pH tanah 5.5-6.5 dan gunakan mulsa jerami untuk menjaga kelembaban merata.
Pengendalian terpadu: sebelum tanam, rendam rimpang bibit dalam larutan fungisida nabati (misal ekstrak bawang putih 10% selama 30 menit). Tanam di bedengan dengan jarak 20x20 cm. Jika serangan terjadi, cabut tanaman sakit dan bakar. Aplikasi Trichoderma sp. (10 g/kg tanah) saat olah tanah dapat menekan patogen. Rotasi dengan tanaman bukan jahe-jahean (misal kacang tanah) minimal 2 musim.