Gejala busuk akar dapat diamati dari perubahan warna daun yang menguning serta layu mulai dari bagian bawah, batang basah melunak, serta bau busuk yang menyengat ketika rimpang digali. Jika curah hujan melebihi 250 mm per bulan tanpa adanya bedengan setinggi 30 hingga 40 cm, tingkat kerusakan rimpang bisa mencapai 60 sampai 80 persen dari total populasi lahan pertanian.
Pencegahan harus dilakukan sejak awal penanaman dengan pengolahan tanah yang baik, pemberian kapur pertanian atau dolomit sebanyak 1 hingga 2 ton per hektar untuk menjaga pH tanah pada angka 6,0 sampai 6,8, serta penggunaan agen hayati Trichoderma spp. saat penyiapan media tanam. Penyiangan gulma rutin dilakukan setiap 3 minggu sekali agar sirkulasi udara di sekitar pangkal batang tetap terjaga dengan optimal.
Jika serangan busuk akar sudah terjadi di lahan, segera bongkar tanaman yang terinfeksi dan musnahkan bagian yang rusak jauh dari area perkebunan. Keringkan tanah bekas tanaman tersebut selama 7 hingga 14 hari di bawah terik matahari, lalu taburkan bahan organik terdekomposisi matang sebelum melakukan penyulaman bibit baru.
