Ketika air menggenangi bedengan lebih dari 4 jam setelah hujan deras, sistem perakaran bawang merah akan kekurangan oksigen sehingga jaringan selnya mati dan melunak. Kondisi tercekik ini memudahkan spora cendawan patogen masuk dan merusak jaringan pembuluh angkut hingga pangkal umbi membusuk hanya dalam waktu 3 sampai 5 hari.
Pencegahan utama di musim hujan dilakukan dengan membuat bedengan tinggi sekitar 40 hingga 50 centimeter serta kedalaman parit antar-bedengan minimal 50 centimeter agar air hujan segera mengalir keluar. Selain itu, pemberian pembenah tanah dan agens hayati sebanyak 20 gram per meter persegi saat pengolahan tanah 14 hari sebelum tanam sangat efektif menekan populasi jamur patogen.
Jika serangan sudah terlihat pada 5 persen dari total populasi tanaman di lahan, segera perbaiki saluran pembuangan air dan lakukan pengapuran dolomit sebanyak 100 gram per meter persegi untuk menaikkan pH tanah ke angka ideal 6,0 hingga 6,8. Lakukan pemeriksaan sanitasi lahan secara berkala setiap 2 hari sekali pada pagi hari untuk mencabut tanaman yang terinfeksi parah.
