Selain faktor fisik berupa drainase yang buruk, kelembapan udara yang ekstrem di atas 85 persen pada musim hujan menciptakan mikrohabitat ideal bagi spora jamur patogen tanah. Patogen ini menyerang jaringan akar yang telah melemah akibat terendam air, masuk melalui luka mikro, lalu menyumbat jaringan pembuluh xilem. Gejala awal sering kali keliru dianggap sebagai kekurangan pupuk karena daun mendadak menguning, padahal masalah utamanya berada di sistem perakaran bawah tanah.
Untuk mengatasi masalah ini secara tuntas, kita perlu membongkar tanaman terserang dan mengamati warna serta tekstur akar secara teliti. Jika akar berwarna cokelat gelap hingga hitam, berbau busuk menyengat, dan bagian kulitnya terkelupas dari silinder pusat, maka tanaman terinfeksi busuk akar parah. Segera pangkas bagian akar yang membusuk menggunakan alat steril, lalu pindahkan sisa tanaman yang sehat ke media baru yang gembur dan memiliki porositas tinggi.
Pencegahan jangka panjang selama musim hujan meliputi pembuatan bedengan dengan ketinggian minimal 30 sentimeter atau penggunaan media tanam pot yang dicampur sekam bakar dan kompos matang dengan perbandingan dua banding satu. Hindari penyiraman manual saat hari hujan, pastikan lubang drainase wadah tanam tidak tersumbat akar atau tanah liat, dan lakukan rotasi tanaman jika lahan bekas pakai sudah terinfeksi sebelumnya untuk memutus siklus hidup patogen.