Untuk mengatasi masalah ini secara tepat, kita harus mengenali gejala awal sebelum kerusakan menyebar ke seluruh petak penanaman. Diagnosis diferensial sangat penting dilakukan untuk membedakan apakah busuk akar disebabkan oleh serangan jamur patogen tular tanah atau murni akibat genangan air dan kekurangan oksigen. Setiap penyebab memiliki penanganan spesifik, mulai dari perbaikan drainase lahan hingga penggunaan agens hayati yang ramah lingkungan.
Pembuatan bedengan tinggi minimal 30 cm dengan parit drainase yang lancar adalah kunci utama pencegahan busuk akar di dataran tinggi maupun dataran menengah Indonesia. Selain itu, pemberian pupuk kandang yang telah matang sempurna dan pencampuran kapur pertanian pada fase pengolahan lahan sangat membantu menstabilkan pH tanah serta menekan populasi jamur merugikan. Hindari penggunaan bahan kimia secara berlebihan dan prioritaskan kesehatan ekosistem tanah.
Penyuluh pertanian lapangan selalu menyarankan petani untuk melakukan rotasi tanaman dengan famili bukan sejenis guna memutus siklus hidup patogen di dalam tanah. Apabila gejala serangan sudah telanjur parah dan tanaman tidak dapat diselamatkan lagi, tindakan cabut dan musnahkan tanaman terinfeksi wajib dilakukan agar tidak menular ke tanaman sehat di sekitarnya.