Penyakit utama yang sering menyerang kunyit saat musim hujan meliputi busuk rimpang, layu bakteri, dan bercak daun. Serangan ini dapat menurunkan hasil panen secara signifikan hingga 60 persen jika tidak ditangani sejak gejala awal muncul. Pengamatan rutin pada area pangkal batang dan permukaan daun bawah sangat dianjurkan setidaknya 2 kali dalam seminggu selama periode hujan lebat.
Pengelolaan drainase merupakan kunci utama dalam mencegah pembusukan organ tanah. Pembuatan bedengan setinggi 30 hingga 40 cm dengan lebar 100 cm serta jarak antarbedengan 40 hingga 50 cm membantu mengalirkan kelebihan air hujan agar tidak tergenang lebih dari 2 jam. Langkah struktural ini secara efektif menekan perkembangan spora patogen tanah.
Selain perbaikan fisik lahan, pemberian agens hayati seperti Trichoderma sp. sebanyak 10 hingga 20 gram per lubang tanam saat pengolahan tanah sangat efektif menekan cendawan tular tanah. Lakukan rotasi tanaman setiap 2 hingga 3 tahun sekali dengan tanaman non-empon-empon untuk memutus siklus hidup patogen yang tertinggal di dalam tanah.
