Memasuki fase vegetatif awal pada umur 1 hingga 2 bulan setelah tanam (MST), kencur memerlukan asupan unsur hara Nitrogen tinggi untuk merangsang pertumbuhan daun serta pembentukan anakan baru. Pemupukan susulan pertama dilakukan dengan cara membuat lubang tugal sejauh 5 cm dari pangkal batang, diberikan setiap 3 hingga 4 minggu sekali pada kondisi tanah lembap.
Saat tanaman berumur 3 hingga 5 MST yang merupakan fase pembentukan rimpang, pupuk dengan kandungan Phosfat dan Kalium seimbang sangat dibutuhkan untuk memperkuat jaringan rimpang muda. Pemupukan susulan kedua ini dikombinasikan dengan kegiatan pembumbunan tanah setinggi 5 cm agar calon rimpang kencur terlindung dari paparan sinar matahari langsung.
Pada fase pengisian rimpang di umur 6 hingga 8 MST menjelang musim kemarau, pemberian pupuk berfokus pada porsi Kalium yang lebih tinggi untuk memadatkan massa rimpang dan meningkatkan kadar minyak atsiri. Setelah memasuki umur 9 bulan, pemupukan dihentikan sepenuhnya agar tanaman siap memasuki masa dormansi sebelum dipanen saat daun mengering secara alami.
