Memasuki fase pembentukan rimpang pada usia 3 hingga 5 bulan, jenis pupuk yang diaplikasikan harus bergeser untuk mendukung pembesaran umbi di dalam tanah. Frekuensi pemupukan susulan dilakukan setiap 30 hari sekali dengan cara membenamkan pupuk ke dalam alur di sekitar barisan tanaman agar tidak menguap terkena terik matahari.
Kombinasi antara pupuk organik matang seperti kompos atau pupuk kandang dengan pupuk anorganik berimbang menjadi kunci kesuksesan budidaya kencur di berbagai wilayah Nusantara. Pemberian bahan organik sebanyak 10 hingga 15 ton per hektar pada saat pengolahan tanah juga berfungsi memperbaiki struktur fisik tanah agar rimpang leluasa membesar.
Petani perlu menghindari kelebihan unsur nitrogen pada fase generatif karena justru akan memicu pertumbuhan daun yang terlalu lebat tetapi membuat rimpang kerdil dan berair. Pemantauan kelembaban tanah secara berkala sangat dianjurkan sebelum melakukan pemupukan agar pupuk larut dengan baik dan tidak membakar jaringan akar tanaman.