Penyebab paling umum adalah kekeringan. Saat musim kemarau tanpa hujan selama 2-3 minggu, tanah menjadi sangat kering. Daun menguning dimulai dari ujung dan tepi, lalu menjalar ke seluruh daun. Tanaman layu di siang hari dan segar kembali di pagi hari. Solusinya: beri mulsa organik setebal 5-7 cm (jerami, daun kering) untuk menjaga kelembaban tanah, dan siram 2-3 hari sekali jika tidak ada hujan, cukup basahi tanah sedalam 10-15 cm.
Penyebab kedua adalah serangan nematoda atau jamur akar. Jika tanah terlalu lembab karena drainase buruk, akar kencur bisa busuk. Daun menguning merata, tanaman kerdil, dan akar berwarna coklat kehitaman atau bengkak. Solusinya: perbaiki drainase dengan membuat bedengan setinggi 20-30 cm, dan jika sudah terinfeksi, cabut tanaman sakit lalu semprot dengan fungisida berbahan aktif mankozeb atau benomil sesuai dosis pada label. Konsultasikan dengan BPP setempat.
Penyebab ketiga adalah kekurangan unsur hara, terutama nitrogen atau magnesium. Daun menguning pada bagian bawah (tua) lebih dulu, dengan warna kuning seragam. Tanah berpasir atau lahan yang sudah ditanam terus menerus rentan. Solusinya: beri pupuk kandang (kotoran ayam/sapi) 1-2 kg per meter persegi saat tanam, atau pupuk daun yang mengandung N dan Mg seminggu sekali. Untuk kemarau, hindari pupuk kimia berlebihan karena bisa membakar akar.