Serangan layu bakteri dan busuk rimpang menjadi dua ancaman utama yang dapat menurunkan hasil panen hingga 70 persen jika tidak ditangani sejak dini. Gejala awal kedua penyakit ini sering kali terlihat serupa, yaitu adanya perubahan warna daun dan tanaman tampak layu, sehingga diagnosis diferensial sangat diperlukan agar penanganan yang dilakukan tepat sasaran.
Pengolahan tanah yang benar dengan pembuatan bedengan setinggi 30 hingga 40 cm dan pemberian kapur pertanian sebanyak 1,5 hingga 2 ton per hektar sebelum tanam sangat efektif menjaga pH tanah di angka ideal 6,0 sampai 6,5. Penambahan kompos matang sebanyak 10 hingga 15 ton per hektar juga membantu memperkuat populasi mikroba antagonis alami di dalam tanah.
Sanitasi lahan secara berkala setiap 7 hari sekali dengan mencabut tanaman bergejala dan memusnahkannya di luar area kebun merupakan langkah krusial untuk memutus rantai penularan. Penggunaan agens hayati berbasis Trichoderma sp. yang diaplikasikan 2 minggu sekali dapat memberikan perlindungan biologis pada rimpang kencur sepanjang musim hujan.
