Untuk mengatasi masalah ini secara akurat, kita harus melakukan diagnosis diferensial di lapangan dengan mengamati pola kekuningan pada tanaman berumur 30 hingga 45 hari setelah tanam. Jika kekuningan dimulai dari ujung daun secara merata disertai tanah yang retak dan kering, maka faktor utama adalah kurangnya suplai air dan hara nitrogen. Namun, apabila daun menguning disertai bercak putih seperti diterawang atau ada lubang gigitan, penyebabnya adalah serangan hama pemakan daun yang aktif pada malam hari. Pendekatan diagnosis yang tepat sasaran akan menghemat biaya perawatan dan mencegah penggunaan bahan kimia yang sia-sia di lahan pertanian Anda.
Pemberian air irigasi pada musim kemarau harus dilakukan secara teratur dua kali sehari, yakni pagi dan sore hari, menggunakan sistem leb atau gembor secara bergantian agar tanah tidak terlalu basah yang justru mengundang penyakit tular tanah. Penambahan pupuk organik matang sebanyak 10 ton per hektar pada saat pengolahan tanah sangat membantu mempertahankan kelembapan mikro di sekitar perakaran bawang merah. Selain itu, pemupukan susulan dengan unsur nitrogen dan kalium harus dilarutkan dengan air dan diaplikasikan langsung ke tanah, hindari menaburkan pupuk butiran langsung di atas daun yang basah oleh embun pagi untuk mencegah terjadinya 'pupuk burn' atau daun terbakar.
Pencegahan menyeluruh juga mencakup penggunaan benih bersertifikat bebas virus serta penerapan rotasi tanaman dengan padi atau jagung untuk memutus siklus hidup patogen di dalam tanah. Apabila ditemukan tanaman yang menunjukkan gejala kuning parah dan layu, segera cabut dan musnahkan dengan cara dibakar agar tidak menular ke rumpun tetangga di dalam satu bedengan. Selalu utamakan kebersihan lahan dari gulma dan sisa tanaman musim lalu yang sering menjadi tempat persembunyian spora jamur serta kepompong hama pengganggu selama musim kemarau panjang.