Penyakit busuk akar dan pangkal batang merupakan masalah paling umum yang terjadi ketika media tanam tergenang air selama lebih dari dua hari berturut-turrut. Kondisi tanah yang padat dan miskin drainase memperparah pembusukan jaringan tanaman bagian bawah, menyebabkan daun layu mendadak meskipun tanah terlihat basah. Pencegahan terbaik adalah membuat bedengan dengan tinggi minimal 20 sentimeter dan mencampur tanah dengan kompos matang untuk memperbaiki porositas.
Selain masalah akar, serangan bercak daun dan embun tepung kerap muncul akibat sirkulasi udara yang buruk di antara rumpun kemangi yang terlalu rapat. Penanaman dengan jarak tanam ideal 20 kali 20 sentimeter dan pemangkasan cabang bagian bawah terbukti efektif menurunkan kelembapan mikro di sekitar tanaman. Pemupukan nitrogen harus dikurangi saat musim hujan agar pertumbuhan jaringan daun tidak terlalu lunak dan lebih tahan terhadap infeksi patogen.
Apabila ditemukan gejala serangan, tindakan sanitasi dengan memangkas bagian tanaman yang sakit harus segera dilakukan dan dibakar atau dikubur jauh dari lahan budidaya. Pemanfaatan agens hayati preventif dapat diaplikasikan setiap minggu pada pagi hari sebelum embun mengering untuk menekan populasi jamur patogen di permukaan daun. Selalu jaga kebersihan kebun dan hindari penyiraman dari atas tanaman di sore hari agar daun tidak basah semalaman.