Salah satu kendala utama di lapangan adalah munculnya serangan embun buluk dan bercak daun pada populasi kemangi yang ditanam terlalu rapat, yaitu kurang dari 20 kali 20 sentimeter. Sirkulasi udara yang terhambat di sekitar tajuk membuat daun tetap basah selama lebih dari 12 jam, sehingga infeksi jamur dapat merusak seluruh petakan tanam dalam kurun waktu 3 hingga 5 hari saja.
Pengendalian penyakit kemangi pada musim hujan memerlukan tindakan sanitasi ketat dengan memotong seluruh bagian tanaman yang bergejala secara harian. Selain pemangkasan rutin, petani dan pekebun rumahan harus memastikan bedengan memiliki ketinggian minimal 30 sentimeter agar saluran drainase berfungsi optimal dan tidak meninggalkan genangan air di sekitar area perakaran.
Sebagai langkah perlindungan berkelanjutan, aplikasi bio-fungisida atau agen hayati dapat dilakukan dengan frekuensi seminggu sekali pada pagi hari. Dikombinasikan dengan pemanenan atau pemetikan daun setiap 7 hingga 10 hari sekali, tajuk tanaman akan tetap terbuka sehingga kelembapan mikroklimat di sekitar tanaman kemangi dapat ditekan secara efektif.
