Pengendalian hama secara preventif harus dimulai sejak pemilihan benih sehat bebas patogen dan pengolahan tanah yang sempurna minimal dua minggu sebelum tanam. Pemberian pupuk kandang matang sebanyak 10 hingga 15 ton per hektar serta penambahan kapur pertanian jika tanah masam sangat membantu memperkuat ketahanan alami tanaman. Sanitasi lahan dari gulma dan sisa tanaman musim sebelumnya juga wajib dilakukan secara rutin setiap minggu untuk memutus siklus hidup hama.
Penerapan prinsip Pengendalian Hama Terpadu mengedepankan pemantauan rutin dua kali seminggu untuk mendeteksi dini keberadaan ulat grayak atau kutu kebul pada daun bawang putih. Penggunaan musuh alami seperti laba-laba predator dan pemanfaatan perangkap kuning berperekat terbukti efektif menekan populasi serangga dewasa tanpa merusak keseimbangan ekosistem mikro di sekitar perakaran. Rotasi tanaman dengan padi sawah atau jagung juga dianjurkan setiap selesai musim panen untuk memutus rantai makanan hama spesifik.
Apabila populasi hama telah melewati ambang batas ekonomi dan merusak lebih dari 20 persen populasi tanaman, tindakan korektif dengan agen hayati atau pestisida nabati dapat diaplikasikan. Jika terpaksa menggunakan pestisida kimia sintetis, petani wajib membaca petunjuk pada label kemasan secara teliti dan menggunakan alat pelindung diri lengkap. Konsultasi berkala dengan petugas penyuluh lapangan di Balai Penyuluhan Pertanian setempat sangat disarankan untuk mendapatkan rekomendasi bahan aktif yang terdaftar dan tepat dosis.