Penyakit bercak ungu (Purple Blotch) akibat Alternaria porri dan embun bulu (Downy Mildew) akibat Peronospora destructor merupakan penyakit daun paling mendominasi saat intensitas hujan tinggi. Untuk menekan penyebarannya, petani perlu membuat bedengan dengan tinggi minimal 30 hingga 40 cm dan lebar parit 40 cm agar air hujan segera mengalir keluar. Lakukan penyemprotan agens hayati pencegah cendawan setiap 5 hingga 7 hari sekali saat cuaca terus-menerus mendung dan basah.
Selain penyakit daun, masalah tular tanah seperti layu fusarium atau penyakit moler yang disebabkan oleh Fusarium oxysporum sering membuat daun bawang putih memuntir hingga 180 derajat dan menguning mendadak. Pengendalian penyakit tanah ini wajib dimulai sejak olah tanah dengan menaburkan kapur dolomit sebanyak 1,5 ton per hektar untuk menaikkan pH tanah ke angka netral 6,5, serta mengocorkan larutan Trichoderma spp. dengan dosis 10 hingga 20 gram per liter air pada lubang tanam.
Langkah sanitasi kebun harus dilakukan secara disiplin dengan memangkas dan membuang daun terinfeksi setidaknya 3 hari sekali. Kurangi porsi pemupukan unsur Nitrogen hingga 30% dari dosis standar musim kemarau karena Nitrogen berlebih akan membuat jaringan sel daun menjadi lunak dan sangat rentan ditembus hifa jamur. Kombinasi manajemen drainase, sanitasi ketat, dan nutrisi berimbang akan menjaga pertanaman bawang putih tetap produktif hingga masa panen pada umur 90 hingga 120 hari.
