Layu fusarium (Fusarium oxysporum) menyerang akar dan pangkal batang. Gejala awal: daun menguning dari ujung ke bawah, layu mendadak saat siang. Bila pangkal batang dibelah, terlihat jaringan cokelat. Serangan berat membuat tanaman mati. Penyebab: tanah tergenang, bibit terinfeksi, atau rotasi tanaman tidak dilakukan. Solusi: perbaiki drainase, gunakan bibit sehat, dan lakukan rotasi dengan tanaman bukan bawang minimal 2 tahun.
Bercak ungu (Alternaria porri) muncul sebagai bercak kecil putih pada daun, lalu membesar dan berubah ungu kecokelatan dengan lingkaran konsentris. Bercak sering bersatu, menyebabkan daun mengering. Penyakit ini menyebar cepat di musim hujan melalui percikan air. Solusi: tanam dengan jarak rapat (20x15 cm) untuk sirkulasi udara, hindari penyiraman sore, dan aplikasikan fungisida berbahan aktif mankozeb atau klorotalonil sesuai label.
Busuk putih (Sclerotium rolfsii) menyerang pangkal batang dan umbi. Gejala: daun menguning, layu, dan pangkal batang membusuk berair dengan miselium putih seperti kapas. Bila tanah lembap, muncul sklerotia cokelat sebesar biji sawi. Penyebab: tanah masam (pH <5,5), sisa tanaman sakit, dan kelembapan tinggi. Solusi: kapur dolomit untuk naikkan pH ke 6,0-6,5, cabut dan bakar tanaman sakit, serta lakukan solarisasi tanah selama 2 minggu sebelum tanam.