Selain ulat, hama Thrips (Thrips tabaci) kerap menyerang pada umur 15 hingga 40 hari setelah tanam saat kondisi lahan relatif kering. Hama serangga kecil berwarna kuning kecokelatan ini mengisap cairan daun, menyebabkan bercak keperakan yang lambat laun membuat daun mengering dan keriting. Penyiraman rutin 2 kali sehari pada pagi dan sore hari menggunakan gembor atau penyiram kocor membantu membilas serangga thrips dari permukaan daun sekaligus menjaga kelembapan mikro tanah.
Lalat pengorok daun (Liriomyza chinensis) juga sering menginfeksi tanaman bawang merah pada musim kemarau, ditandai dengan garis-garis putih meliuk pada helai daun. Larva lalat ini memakan jaringan dalam daun, sehingga menurunkan kapasitas fotosintesis tanaman hingga 40 persen. Pemasangan perangkap pelekat kuning (yellow sticky trap) sebanyak 40 buah per hektar terbukti menekan populasi lalat dewasa secara signifikan tanpa merusak lingkungan.
Pengendalian hama terpadu harus mengedepankan sanitasi gulma di sekitar pertanaman setiap 7 hari sekali untuk menghilangkan rumah cadangan bagi hama. Jika ambang batas ekonomi telah terlampaui, penggunaan agens hayati seperti jamur Beauveria bassiana atau bakteri Bacillus thuringiensis dapat diaplikasikan pada sore hari saat suhu meredup. Kombinasi langkah teknis budaya tanam dan pemantauan harian ini akan menjaga produktivitas umbi tetap optimal hingga panen di umur 60 hari.