Masalah ini sering dialami oleh perkebunan kopi di dataran tinggi maupun menengah yang memiliki struktur tanah liat padat. Ketika air menggenang lebih dari 24 jam di sekitar piringan tanaman, kadar oksigen dalam tanah menurun drastis sehingga akar mengalami asfiksia atau lemas. Kondisi jaringan akar yang lemah ini sangat mudah ditembus oleh spora jamur patogen yang menyebar melalui aliran air permukaan atau kontak antar akar tanaman.
Gejala awal pembusukan akar pada tajuk tanaman kopi sering kali menyerupai gejala kekurangan air atau hara. Daun-daun mulai menguning secara bertahap, layu di siang hari, dan gugur prematur dalam kurun waktu 2 hingga 4 minggu sejak infeksi berat terjadi. Jika leher akar digali setinggi 10 hingga 15 sentimeter dari permukaan tanah, akan terlihat jaringan kulit akar yang terkelupas, berwarna cokelat gelap hingga hitam, serta berbau busuk atau berasap.
Pengendalian busuk akar memerlukan pendekatan terpadu yang berfokus pada perbaikan lingkungan perakaran dan sanitasi kebun. Pembuatan saluran drainase individu atau parit cacing sedalam 40 hingga 50 sentimeter di antara barisan tanaman sangat efektif untuk mengalirkan kelebihan air hujan. Selain itu, pengaturan intensitas naungan melalui pemangkasan pohon peneduh hingga 50 persen dapat membantu mempercepat penguapan air tanah dan meningkatkan suhu tanah untuk menekan populasi jamur patogen.
