Untuk mengatasi masalah ini secara tepat, kita harus memahami bahwa busuk akar kopi tidak selalu disebabkan oleh satu patogen yang sama. Pendekatan diagnosis diferensial sangat penting untuk membedakan antara serangan jamur akar putih yang ditandai dengan benang putih di bawah kulit akar, serangan jamur akar merah dengan rizomorf khas, atau sekadar busuk karena genangan air murni tanpa infeksi sekunder. Pemeriksaan pangkal batang dan pencurian sampel tanah di sekitar zona perakaran sedalam 20 hingga 30 sentimeter akan membantu pekebun mengenali musuh utama tanaman mereka dengan akurat sebelum terlambat.
Langkah pemulihan di lapangan harus dimulai dengan pembuatan parit drainase keliling selokan kebun untuk membuang kelebihan air hujan dalam waktu maksimal 24 jam setelah hujan reda. Tanaman kopi yang sudah terinfeksi berat harus segera dibongkar hingga ke akar tunggangnya dan dibakar agar tidak menularkan spora ke tanaman tetangga di sekitarnya. Pada lubang bekas tanaman yang terserang, taburkan kapur pertanian sebanyak 500 gram hingga 1 kilogram untuk menaikkan pH tanah dan menekan populasi jamur patogen, lalu biarkan lubang tersebut terbuka terkena sinar matahari selama minimal dua pekan sebelum ditanami kembali.
Pencegahan jangka panjang jauh lebih efektif daripada mengobati tanaman yang sudah terlanjur parah gejalanya di musim hujan. Pekebun dianjurkan untuk melakukan pemangkasan pohon pelindung secara berkala agar sinar matahari pagi dapat menembus tajuk kopi dan mengurangi kelembapan tanah di lantai kebun. Pengaplikasian pupuk organik matang kaya mikroba antagonis setiap awal musim hujan juga sangat membantu meningkatkan ketahanan alami sistem perakaran kopi dari serangan penyakit tular tanah yang merugikan.