Pemberian pupuk organik berupa kompos atau pupuk kandang matang sebanyak 10 hingga 20 kilogram per pohon wajib dilakukan satu kali dalam semahun menjelang awal musim hujan. Pupuk organik ini ditaburkan di dalam lubang rorak atau parit melingkar sejauh tajuk tanaman sekitar 50 hingga 75 centimeter dari batang utama lalu ditutup tanah kembali. Kompos bertindak sebagai pembenah struktur tanah yang meningkatkan kapasitas simpan air serta merangsang aktivitas mikroba tanah yang sangat penting bagi kesehatan perakaran kopi.
Untuk pupuk anorganik penunjang unsur Nitrogen, Fosfor, Kalium, dan Magnesium, pembagian dosis dilakukan dua kali setahun dengan ditabur melingkar pada parit tajuk luar. Pada tanaman kopi dewasa berumur di atas 4 tahun yang sudah aktif berproduksi, kebutuhan hara Nitrogen dan Kalium meningkat pesat terutama saat fase pengisian buah pada bulan Januari hingga Februari. Penaburan pupuk hendaknya dilakukan saat kondisi tanah cukup lembap, bukan saat tanah kering kerontang atau saat curah hujan sangat tinggi agar hara tidak hanyut terbawa erosi.
Pemupukan daun atau foliar dapat diberikan sebagai pelengkap sebanyak 3 hingga 4 kali semusim dengan interval 30 hari sekali, terutama pada saat fase pembentukan pembungaan. Penyemprotan hara mikro seperti Seng dan Boron pada pagi hari sebelum pukul 09.00 membantu proses penyerbukan bunga kopi menjadi buah secara optimal. Pastikan keasaman atau pH tanah berada pada rentang ideal 5.5 hingga 6.5 dengan memberikan kapur pertanian sebanyak 200 hingga 500 gram per pohon apabila tanah terindikasi terlalu asam.