Untuk mengidentifikasi masalah, pemeriksaan fisik langsung pada area perakaran sejauh 50 sampai 100 sentimeter dari pangkal batang sangat diperlukan. Jika perakaran tergenang air, sistem drainase harus segera diperbaiki dengan membuat parit isolasi berkedalaman 50 sentimeter di sekeliling tajuk tanaman. Pembuatan saluran pembuangan air ini bertujuan mencegah penumpukan air hujan yang memicu kondisi anoksik pada akar cengkeh.
Sanitasi lahan wajib dilakukan secara teratur setiap 3 bulan sekali dengan membersihkan gulma dan membongkar sisa-sisa akar tanaman lama yang membusuk. Bila ditemukan infeksi jamur, pembongkaran bagian akar yang terinfeksi harus dilakukan dengan hati-hati lalu membakarnya di luar area kebun. Pengapuran tanah menggunakan kapur pertanian atau dolomit sebanyak 1 hingga 2 kilogram per lubang tanam sangat efektif menetralkan pH tanah yang masam akibat curah hujan tinggi.
Aplikasi agen hayati seperti Trichoderma sp. sebanyak 100 hingga 200 gram yang dicampur dengan 10 hingga 15 kilogram pupuk kandang matang per pohon terbukti efektif menekan pertumbuhan patogen tanah. Pemberian pupuk organik dan agen hayati ini sebaiknya dilakukan 2 kali setahun, yaitu pada awal dan akhir musim hujan. Hindari pemberian pupuk nitrogen berlebih di musim hujan karena dapat merangsang pertumbuhan jamur patogen.
