Diagnosis banding sangat penting karena setiap penyebab memerlukan penanganan berbeda. Phytophthora palmivora menyebabkan busuk akar basah dengan bau asam, sering terjadi di lahan tergenang. Rigidoporus lignosus menghasilkan miselium seperti kipas berwarna putih kekuningan di pangkal batang dan akar, serta tubuh buah (jamur) di permukaan tanah. Fusarium spp. menimbulkan busuk kering dengan warna coklat kemerahan, biasanya pada tanaman stres akibat kekeringan atau luka mekanis. Serangan nematoda (Pratylenchus spp.) juga bisa memicu busuk sekunder akibat luka pada akar.
Pengendalian utama adalah pencegahan dengan perbaikan drainase: buat saluran air sedalam 50 cm antar barisan tanaman, terutama di lahan miring. Saat musim hujan, hindari genangan dengan meninggikan guludan. Sanitasi kebun: kumpulkan dan bakar sisa tanaman sakit. Untuk pohon terserang, lakukan pemangkasan akar sakit hingga jaringan sehat, lalu oleskan fungisida berbahan aktif tembaga atau fosetil-Al pada luka (ikuti label). Pada kebun endemik, aplikasi agens hayati seperti Trichoderma spp. pada tanah sebelum tanam atau saat awal musim hujan.
Jika lebih dari 30% tanaman menunjukkan gejala, segera konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat atau BPP. Mereka bisa membantu mengambil sampel tanah dan akar untuk uji laboratorium. Hindari penggunaan fungisida kimia tanpa diagnosis pasti karena dapat membunuh mikroba tanah menguntungkan. Rotasi tanaman non-inang seperti rumput gajah atau jagung selama 1-2 musim membantu memutus siklus patogen. Untuk lahan bekas serangan, beri jeda tanam minimal 6 bulan dan aplikasi kompos dengan Trichoderma.