Namun, gejala layu tidak selalu disebabkan oleh kekurangan air semata, melainkan bisa menjadi petunjuk adanya serangan penyakit pembuluh kayu atau Vascular Streak Dieback (VSD) yang disebabkan oleh jamur Ceratobasidium theobromae. Penyakit ini memotong jalur nutrisi di dalam jaringan xilem, sehingga cabang tanaman mati meranggas dimulai dari daun ketiga atau keempat dari pucuk. Pemangkasan cabang terinfeksi sejauh 30 cm ke arah jaringan sehat harus dilakukan setidaknya 1 kali seminggu selama musim kemarau untuk menghentikan penyebaran spora.
Penyebab layu lainnya adalah serangan hama penggerek batang Zeuzera roricyanea yang membuat lubang galian sepanjang 10 hingga 20 cm di dalam kayu. Batang atau cabang yang terganggu pembuluh angkutnya akan mendadak layu dan mengering dalam waktu 3 hingga 5 hari, dengan tanda khas berupa tumpukan kotoran seperti serbuk kayu di sekitar lubang. Pengendalian mekanis dengan memotong cabang terinfeksi atau memasukkan kawat ke dalam lubang penggerek efektif menekan populasi hama tanpa merusak lingkungan perkebunan.
Untuk menjaga keberlanjutan kebun kakao, pengaturan naungan pelindung seperti pohon lamtoro atau gamal dengan kerapatan 30 hingga 40 persen sangat krusial dalam menahan paparan sinar matahari langsung. Pengamatan rutin sebanyak 2 kali seminggu pada area piringan dan tajuk atas memungkinkan petani mendeteksi gejala awal layu secara akurat. Langkah sanitasi kebun yang konsisten sebelum puncak musim kemarau akan mengurangi risiko kehilangan hasil panen hingga 50 persen.
