Langkah penanganan terpadu harus dimulai dari tindakan sanitasi berkala setiap 7 hari sekali selama musim hujan. Petani wajib melakukan pemetikan buah busuk atau piringan buah terinfeksi lalu menguburnya di dalam lubang khusus sedalam minimal 30 sentimeter dan menaburinya dengan kapur pertanian. Meninggalkan buah busuk yang menggantung di pohon hanya akan menyebarkan jutaan spora jamur ke buah sehat di sekitarnya melalui percikan air hujan.
Pengaturan aerasi tajuk melalui pemangkasan pemeliharaan harus rutin dikerjakan setiap 3 bulan sekali untuk menurunkan kelembapan mikro di sekitar pohon kakao. Kurangi kerapatan pohon pelindung seperti lamtoro atau gamal hingga menyisakan pencahayaan matahari masuk sebesar 30 hingga 50 persen. Pemangkasan tunas air atau wiwil wajib dilakukan 2 minggu sekali agar nutrisi terfokus pada pembentukan buah sehat dan sirkulasi udara lancar.
Pengendalian secara hayati dapat memanfaatkan agens hayati Trichoderma sp. yang dikucurkan pada zona perakaran atau dioleskan pada bekas pangkasan batang sebanyak 100 mililiter suspensi per tanaman setiap awal musim hujan. Jika infeksi jamur sudah meluas melebihi 20 persen populasi pohon di perkebunan, pertimbangkan penggunaan fungisida teknis sesuai petunjuk pada label kemasan produk. Selalu konsultasikan pemilihan bahan aktif dengan petugas penyuluh setempat agar efektif dan aman bagi ekosistem.
