Penyakit Busuk Buah Kakao akibat infeksi jamur Phytophthora palmivora adalah ancaman terbesar saat musim hujan, di mana buah dari semua tingkatan umur bisa terserang. Jamur ini berkembang sangat cepat ketika genangan air tinggi dan kebun kurang mendapatkan sinar matahari akibat tajuk pohon yang terlalu rimbun.
Selain busuk buah, masalah lain yang sering muncul adalah penyakit Kanker Batang dan VSD (Vascular Streak Dieback) yang menyerang bagian vegetatif tanaman. Penyakit VSD menyusup melalui pembuluh kayu dan menyebabkan daun menguning serta gugur secara bertahap dari pucuk ke arah bawah.
Langkah penanganan yang efektif memadukan teknik sanitasi kebun secara rutin, pemangkasan bentuk untuk mengurangi kelembapan, dan pembuangan buah sakit secara konsisten. Petani perlu mengenali perbedaan gejala setiap penyakit agar tindakan penyelamatan yang diberikan tepat sasaran tanpa membuang waktu.