Memasuki fase Tanaman Menghasilkan (TM, umur di atas 3 tahun), kebutuhan nutrisi kakao bergeser ke unsur hara yang mendukung pembentukan bunga, pentil buah, serta pengisian biji kakao. Pemupukan pada fase TM dilakukan 2 kali dalam setahun, yaitu pada awal musim hujan (sekitar Oktober hingga November) dan pada akhir musim hujan (sekitar Maret hingga April). Aplikasi dilakukan dengan cara membuat parit melingkar atau melintang tepat di bawah lingkar luar tajuk tanaman dengan radius 100 hingga 150 cm.
Aplikasi bahan organik sangat krusial dalam menjaga struktur tanah dan kelembapan mikro di sekitar perakaran kakao pada iklim tropis Indonesia. Setiap pohon kakao dewasa memerlukan tambahan 10 hingga 15 kg pupuk kandang atau kompos matang yang diberikan 1 kali per tahun pada awal musim hujan. Hindari melakukan pemupukan di puncak musim kemarau (Juli hingga Agustus) atau saat curah hujan sangat tinggi untuk mencegah risiko penguapan dan pencucian hara.
Teknik pembenaman pupuk melalui pembuatan rorak berukuran panjang 100 cm, lebar 40 cm, dan dalam 30 cm di antara empat pohon kakao sangat direkomendasikan. Rorak berfungsi menampung serasah daun kakao, menahan erosi tanah di lahan miring, dan menjadi tempat aplikasi pupuk organik maupun anorganik secara efisien. Dengan menutup kembali pupuk menggunakan tanah tipis, efisiensi penyerapan hara oleh akar lateral tanaman kakao dapat meningkat secara signifikan.
