Pemangkasan adalah jantung dari perawatan kakao yang sehat untuk memastikan penetrasi cahaya matahari merata dan sirkulasi udara optimal. Petani harus rutin melakukan pemangkasan bentuk pada tanaman muda, pemangkasan pemeliharaan untuk membuang Tunas Air yang tidak produktif, serta pemangkasan sanitasi guna memotong cabang terserang penyakit. Pelaksanaan pemangkasan paling ideal dilakukan pada awal musim hujan agar tanaman memiliki cadangan energi yang cukup untuk pemulihan tunas baru.
Pengendalian hama dan penyakit utama seperti Penggerek Buah Kakao dan penyakit busuk buah harus dilakukan melalui sanitasi kebun yang ketat. Setiap buah kakao yang terserang berat wajib dipetik, dikumpulkan, lalu dibenamkan ke dalam tanah agar siklus hidup hama terputus secara tuntas. Penggunaan musuh alami dan penerapan naungan yang ideal sekitar 30 hingga 40 persen sangat membantu menekan perkembangan patogen jamur di dalam ekosistem kebun.
Perawatan tanah dan pengelolaan drainase kebun kakao sangat menentukan kesehatan sistem perakaran dalam menyerap hara secara maksimal. Pembuatan saluran air atau parit drainase di antara barisan tanaman wajib dikerjakan sebelum puncak musim hujan tiba guna mencegah genangan air yang memicu busuk akar. Selain itu, penyiangan piringan secara manual setiap dua minggu sekali akan mengurangi kompetisi penyerapan air dan unsur hara antara pohon kakao dan gulma liar.