Pemupukan yang tidak seimbang menjadi biang keladi selanjutnya, di mana pemberian pupuk tinggi nitrogen secara terus-menerus membuat tanaman asyik memproduksi cabang baru dan mengabaikan pembentukan bakal bunga. Untuk merangsangnya, pekebun perlu mengaplikasikan pupuk kaya fosfor dan kalium menjelang akhir musim penghujan, tepatnya sekitar bulan April atau Mei, dengan takaran 2 hingga 5 kilogram pupuk organik matang ditambah setengah kilogram pupuk makro per pohon dewasa.
Faktor naungan berlebihan dan kurangnya sinar matahari langsung juga sering membuat cengkeh enggan berbuah, terutama pada sistem kebun tumpangsari yang terlalu rapat dengan jarak tanam kurang dari 8 meter. Pemangkasan bentuk dan pembersihan cabang air secara rutin setiap tahun pasca panen sangat diperlukan untuk memastikan seluruh tajuk pohon, terutama bagian tengah, mendapatkan pencahayaan minimal 70 persen sepanjang hari agar proses fotosintesis berjalan optimal.
Selain itu, serangan hama penggerek batang atau penyakit akar yang mengganggu penyerapan hara mikro seperti boron dan seng dapat menggagalkan kemunculan bunga meskipun pohon tampak subur secara fisik. Pengendalian gulma secara mekanis dengan penyiangan piringan pohon selebar tajuk serta pembuatan parit drainase penangkap air di musim kemarau akan sangat membantu menyelamatkan potensi hasil panen cengkeh di kebun Anda.