Penyakit busuk akar dan pangkal batang yang disebabkan oleh jamur patogen Phytophthora cinnamomi menjadi momok paling menakutkan bagi pekebun cengkeh di berbagai wilayah nusantara, terutama pada lahan dengan drainase buruk. Gejala awal sering kali mengecoh karena mirip dengan kekurangan unsur hara, di mana daun bagian atas mulai menguning, layu, dan gugur secara perlahan dalam kurun waktu dua hingga tiga bulan. Jika bagian leher akar dikupas, kita akan menemukan jaringan kambium yang berwarna cokelat kemerahan berbau busuk, menandakan pembuluh angkut air dan nutrisi telah lumpuh total oleh infeksi jamur tersebut.
Selain masalah perakaran, serangan penyakit cacar daun cengkeh yang disebabkan oleh cendawan Phyllosticta caryophylli kerap menyerang daun-daun muda pada fase flush di awal musim penghujan dengan intensitas serangan mencapai 40 persen. Ciri khas serangan ini adalah munculnya bercak-bercak bulat kecil berwarna abu-abu di bagian tengah dengan tepi berwarna cokelat tua, yang lama-kelamaan akan berlubang dan menyebabkan gugurnya daun muda sebelum waktunya. Kondisi ini secara langsung menghambat proses fotosintesis tanaman, memperlambat pertumbuhan vegetatif, dan menurunkan cadangan energi yang sangat dibutuhkan tanaman untuk memasuki fase pembungaan.
Langkah pengendalian terpadu harus segera diterapkan oleh pekebun di lapangan dengan mengombinasikan perbaikan sanitasi kebun, pengaturan tata air tanah, dan pemangkasan cabang yang terlalu rapat untuk menurunkan kelembapan tajuk. Pemupukan berimbang menggunakan pupuk organik matang minimal dua kali setahun, yaitu pada awal dan akhir musim hujan, sangat membantu meningkatkan ketahanan alami tanaman cengkeh terhadap serangan penyakit. Apabila gejala serangan terus meluas dan sulit dikendalikan secara mandiri, pekebun diimbau untuk segera berkoordinasi dengan petugas penyuluh lapang di Balai Penyuluhan Pertanian setempat guna mendapatkan rekomendasi teknis yang akurat.