Penyakit Bakteri Pembuluh Kayu Cengkeh atau BPKC merupakan salah satu ancaman paling mematikan yang ditularkan oleh serangga vektor Hindola. Tanaman yang terinfeksi BPKC akan menunjukkan gejala khas berupa daun gugur mendadak mulai dari bagian pucuk atas tajuk, diikuti matinya ranting secara bertahap. Ketika kayu batang utama dikupas, akan terlihat garis-garis cokelat kemerahan pada jaringan pembuluh angkut yang menandakan penyumbatan aliran nutrisi.
Selain BPKC, musim hujan juga menyuburkan perkembangan Cacar Daun Cengkeh yang disebabkan oleh jamur serta Jamur Akar Putih yang menyerang bagian bawah tanah. Cacar daun ditandai dengan munculnya bintik-bintik kecil kecokelatan pada daun muda yang dapat melubang dan membuat daun gugur sebelum waktunya. Sementara itu, Jamur Akar Putih menyerang sistem perakaran akibat drainase kebun yang buruk, menyebabkan seluruh daun menguning pucat secara perlahan sebelum tanaman akhirnya roboh atau mati total.
Pengendalian penyakit cengkeh yang efektif membutuhkan kombinasi tindakan sanitasi kebun, perbaikan saluran air, dan pemanfaatan agens hayati. Petani disarankan membuat parit drainase seluas 50 cm x 30 cm di antara barisan tanaman untuk mencegah air menggenang. Pemberian pupuk organik yang diperkaya agens hayati Trichoderma sp. sebanyak 10 hingga 15 kg per pohon secara teratur setiap 3 bulan sekali dapat menekan perkembangan patogen tular tanah secara alami.
