Memasuki fase remaja (TBM umur 4-6 tahun), perakaran cengkeh sudah meluas hingga radius 1,5 meter dari pangkal batang utama. Dosis pupuk organik ditingkatkan menjadi 20 hingga 30 kg per pohon setiap tahunnya untuk menjaga kesuburan struktur tanah. Pemupukan dilakukan dengan membuat parit melingkar selebar 20 cm dengan kedalaman 15 cm di sekeliling tajuk terluar, kemudian ditutup kembali dengan tanah agar nutrisi tidak menguap atau hanyut terkena air hujan.
Pada fase Tanaman Menghasilkan (TM, umur 7 tahun ke atas), kebutuhan tanaman bergeser ke unsur Kalium dan Fosfor untuk memicu pembentukan kuncup bunga yang lebat dan padat. Pemupukan rutin dilakukan 2 kali setahun, yakni pada awal musim hujan (Oktober-November) untuk pemulihan pascapanen dan menjelang awal musim kemarau (April-Mei) guna merangsang pembungaan. Pemberian kompos matang sebanyak 40 hingga 50 kg per pohon sangat dianjurkan untuk menjaga kelembapan tanah di area perakaran.
Keberhasilan pemupukan cengkeh sangat bergantung pada keasaman tanah ideal dengan pH 5,5 hingga 6,5 serta tingkat kelembapan lingkungan perkebunan. Pengapuran menggunakan dolomit sebanyak 1 hingga 2 kg per pohon wajib dilakukan jika tanah terlalu asam, minimal 2 minggu sebelum aplikasi pupuk anorganik. Penutupan parit pupuk menggunakan tanah galian dan mulsa organik setebal 5 cm sangat efektif menjaga kelembapan tanah pada saat memasuki musim kemarau.
