Pada fase tanaman muda atau vegetatif yang berumur satu hingga tiga tahun, fokus pemupukan adalah merangsang pertumbuhan akar, batang, dan percabangan yang kuat. Berikan pupuk organik matang sebanyak 10 hingga 20 kilogram per pohon yang dicampur dengan pupuk kaya unsur hara makro setiap enam bulan sekali. Aplikasikan pupuk dengan cara membuat parit melingkar di bawah tajuk pohon, disesuaikan dengan lebar sebaran akar, lalu timbun kembali dengan tanah agar penguapan hara dapat dicegah.
Memasuki fase tanaman dewasa atau generatif berumur di atas enam tahun yang sudah mulai berbuah, kebutuhan nutrisi bergeser untuk mendukung pembentukan bunga dan pengisian buah cengkeh. Dosis pupuk organik ditingkatkan menjadi 30 hingga 50 kilogram per pohon ditambah pupuk makro dengan porsi unsur hara pembantu buah yang lebih tinggi. Pemupukan pada fase ini dilakukan melingkar di sekeliling piringan pohon dengan jarak sekitar satu hingga dua meter dari batang utama untuk menghindari kerusakan pada akar utama tanaman.
Selain ketepatan waktu dan dosis, teknik aplikasi dan pemeliharaan kebun sangat menentukan efisiensi penyerapan pupuk oleh tanaman cengkeh di lahan perkebunan. Lakukan penyiangan gulma di sekitar piringan pohon sebelum pemupukan agar nutrisi tidak direbut oleh tanaman pengganggu. Selalu perhatikan kondisi drainase kebun untuk mencegah genangan air yang dapat menyebabkan pembusukan akar, serta gunakan mulsa organik di musim kemarau untuk menjaga kelembapan tanah di sekitar zona perakaran.