Penggerek batang cengkeh menyerang batang dan cabang dengan ciri lubang gerekan berdiameter 2-5 mm serta keluarnya serbuk gerek berwarna cokelat. Akibatnya, daun layu, ranting mati, dan tanaman bisa roboh. Kutu putih menyerang daun muda, pucuk, dan bunga, menghasilkan embun madu yang memicu jamur jelaga. Daun menjadi kering, gugur, dan hasil bunga menurun. Ulat pemakan daun memakan helaian daun sehingga hanya tersisa tulang daun, menyebabkan defoliasi parah.
Pengendalian hama cengkeh dilakukan secara terpadu dengan mengutamakan praktik budidaya sehat. Untuk penggerek batang, lakukan pemangkasan cabang terserang dan olesi lubang gerekan dengan kapur atau insektisida nabati seperti ekstrak biji sirsak. Kutu putih dapat dikendalikan dengan menyemprotkan air bertekanan tinggi atau menggunakan predator alami seperti kumbang Coccinellidae. Ulat daun dikendalikan dengan pemasangan lampu perangkap pada malam hari dan memanfaatkan musuh alami seperti tawon parasitoid.
Hindari penggunaan insektisida kimia secara berlebihan karena dapat membunuh musuh alami dan menyebabkan resistensi. Jika terpaksa menggunakan pestisida kimia, bacalah label dengan saksama, pilih bahan aktif yang spesifik terhadap hama sasaran, dan konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat. Rotasi bahan aktif dan aplikasi sesuai dosis yang dianjurkan sangat penting. Lakukan pemantauan rutin setiap minggu, terutama pada musim hujan yang memicu perkembangan hama.