Untuk mengatasi stres air selama kemarau panjang, tanaman cengkeh muda berumur 1 hingga 4 tahun membutuhkan penyiraman rutin sebanyak 20 sampai 30 liter per pohon setiap 3 hingga 4 hari sekali. Penambahan mulsa organik dari limbah sisa panen atau jerami setebal 10 hingga 15 cm di sekeliling piringan tajuk sejauh 1 meter dari batang sangat efektif menurunkan suhu tanah hingga 3 derajat Celsius dan menahan kelembapan tanah. Hindari menimbun mulsa langsung menempel pada pangkal batang untuk mencegah pembusukan leher akar.
Pengendalian penyakit layu akibat Bakteri Pembuluh Kayu Cengkeh (BPKC) dan jamur akar memerlukan pembuatan parit isolasi sedalam 80 sampai 100 cm mengelilingi pohon yang terinfeksi untuk memutus kontak akar dengan tanaman sehat. Aplikasi agen hayati antagonis seperti Trichoderma sp. atau Pseudomonas fluorescens sebanyak 100 hingga 200 gram per pohon yang dicampur dengan 10 kg pupuk kandang matang pada awal dan akhir musim hujan sangat dianjurkan untuk menekan populasi patogen tular tanah secara alami.
Sanitasi kebun harus diperketat dengan memangkas cabang atau ranting yang layu sekitar 20 hingga 30 cm di bawah batas jaringan yang sakit menggunakan gunting pangkas yang disterilkan dengan alkohol 70 persen. Pemupukan berimbang dengan dosis 1 sampai 2 kg pupuk NPK majemuk per pohon dewasa per tahun yang dibagi menjadi dua tahap aplikasi akan menjaga ketahanan jaringan pembuluh tanaman dari penyumbatan patogen maupun serangan hama penggerek batang.
