Pertama, kekeringan fisiologis. Ciri utamanya daun menguning dan menggulung dari tepi, lalu rontok bertahap. Batang dan akar masih sehat, tidak ada lubang atau lendir. Ini terjadi jika curah hujan di bawah 100 mm/bulan selama 3 bulan berturut-turut. Solusinya: mulsa organik setebal 5-10 cm di sekitar pangkal batang, irigasi tetes 10 liter/pohon setiap 3 hari sekali, dan naungan sementara dari daun kelapa.
Kedua, penyakit layu bakteri (Ralstonia solanacearum) atau jamur akar (Fusarium, Phytophthora). Ciri khasnya: layu mendadak pada satu cabang atau seluruh tajuk, pangkal batang basah dan berlendir (bakteri), atau akar membusuk coklat kehitaman (jamur). Potong batang miring: jika keluar lendir putih keruh, itu bakteri. Solusi: drainase diperbaiki, cabang sakit dipotong dan dibakar, beri kapur dolomit 1 kg/pohon untuk menaikkan pH tanah. Hindari menanam di lahan bekas cengkeh sakit.
Ketiga, hama penggerek batang (Zeuzera coffeeae atau Xyleborus). Ciri: lubang kecil pada batang dengan serbuk gergaji halus di bawahnya, daun layu dan kering tapi tidak rontok. Batang bisa patah bila ditekan. Solusi: bersihkan serbuk dan masukkan kapas berisi insektisida kontak (baca label) ke lubang, tutup dengan lilin. Pangkas cabang yang terserang berat. Semprot batang dengan insektisida sistemik setiap 2 minggu sekali di musim kemarau.