Drainase tanah yang buruk serta tinggi bedengan yang kurang dari 40 cm menjadi faktor utama penyebab menumpuknya air hujan di zona perakaran. Saat air menggenang lebih dari 2 hingga 4 jam, kadar oksigen di dalam tanah melonjak turun drastis, menyebabkan sel-sel akar semangka stres dan mengalami nekrosis. Kondisi lemah ini dimanfaatkan oleh spora jamur patogen untuk menembus dinding sel akar dan berkembang biak dengan sangat cepat.
Pencegahan harus dimulai sejak tahap olah tanah sebelum penanaman bibit semangka. Pengolahan tanah yang sempurna wajib mencakup pemberian kapur pertanian sebanyak 1,5 hingga 2 ton per hektar untuk menetralkan pH tanah yang asam akibat air hujan. Selain itu, pemberian pupuk organik yang telah terdekomposisi sempurna bersama agens hayati seperti Trichoderma sp. minimal 10 hari sebelum tanam sangat efektif menekan populasi jamur patogen di dalam tanah.
Jika gejala busuk akar mulai ditemukan pada 1 hingga 2 tanaman di lahan, tindakan cepat harus segera diambil untuk mencegah penularan secara meluas. Petani perlu segera memperbaiki saluran pembuangan air, mencabut tanaman yang terinfeksi berat, dan menaburi bekas lubang tanam menggunakan kapur pertanian. Konsultasikan dengan petugas penyuluh lapangan setempat untuk penggunaan fungisida kocor yang sesuai dengan rekomendasi teknis.
