Untuk mencegah dan mengatasi masalah ini secara efektif, kita perlu memahami bahwa akar yang membusuk tidak dapat menyerap unsur hara NPK dan air dengan baik. Gejala awal biasanya ditunjukkan oleh menguningnya daun tua bagian bawah, diikuti layu permanen pada siang hari yang panas. Jika tidak segera ditangani, seluruh populasi tanaman di lahan seluas satu hektar bisa mati dalam waktu satu minggu setelah curah hujan ekstrem berturut-turut.
Langkah perbaikan utama di lapangan adalah memperbaiki sistem drainase bedengan dengan membuat parit keliling yang lebih dalam dan lebar. Pastikan kemiringan tanah cukup untuk membuang kelebihan air hujan keluar dari area perakaran semangka. Selain itu, aplikasi bahan organik matang pada awal pengolahan tanah sangat membantu meningkatkan porositas dan populasi mikroorganisme baik penekan patogen.
Apabila gejala busuk akar sudah terlanjur parah, lakukan pencabutan pada tanaman yang terserang berat agar tidak menular ke tanaman sehat di sekitarnya. Berikan perlakuan pada lubang tanam dengan kapur pertanian untuk menaikkan pH tanah yang terlalu asam akibat curah hujan tinggi. Selalu konsultasikan dengan petugas penyuluh pertanian setempat di BPP terdekat untuk mendapatkan rekomendasi penanganan lanjutan yang paling sesuai.