Pada bulan-bulan basah seperti November hingga Maret, infeksi jamur busuk buah dan kanker batang menjadi ancaman paling serius yang kerap menggagalkan panen. Pemangkasan kanopi secara teratur sebanyak 1 hingga 2 kali dalam setahun sangat penting dilakukan untuk menjaga sirkulasi udara dan memastikan masuknya sinar matahari langsung ke sela-sela dahan.
Sebaliknya, saat memasuki musim kemarau antara Mei hingga September, ancaman bercak daun dan layu akibat stres lingkungan dapat mengganggu proses fotosintesis tanaman. Pengairan secara berkala 2 hingga 3 kali seminggu pada tanaman muda serta pemberian mulsa organik setebal 5 hingga 10 cm di sekitar piringan pohon akan menjaga kelembapan tanah tetap stabil.
Pemantauan rutin secara berkala setiap 3 hari sekali selama fase pembentukan buah hingga panen sangat disarankan agar tindakan pengendalian dapat dilakukan sedini mungkin. Penanganan yang tepat tanpa penggunaan bahan kimia berlebihan akan memelihara kelestarian tanah sekaligus menghasilkan buah cempedak yang sehat dan aman dikonsumsi.