Penyakit paling mematikan pada alpukat di tanah yang tergenang adalah busuk akar yang disebabkan oleh organisme mirip jamur di dalam tanah. Gejala awalnya mirip dengan kekurangan air, di mana daun menguning, layu, dan gugur padahal tanah tampak basah. Jika pangkal batang turut terserang, akan muncul luka berair berwarna gelap yang mengeluarkan cairan kemerahan, menandakan jaringan tanaman bagian dalam telah membusuk parah.
Selain akar, serangan jamur pada daun dan buah sangat marak terjadi ketika intensitas hujan tinggi dan sinar matahari minim. Bercak daun coklat dengan halo kuning serta antraknosa yang menyebabkan buah bintik hitam dan membusuk saat matang adalah pemandangan umum di kebun. Pengendaliannya harus fokus pada perbaikan drainase lahan, pemangkasan rutin agar tajuk pohon tidak terlalu rimbun, serta menjaga kebersihan kebun dari sisa tanaman sakit.
Sebagai langkah antisipasi jangka panjang di wilayah tropis Indonesia, penerapan jarak tanam ideal dan pembuatan guludan atau saluran air yang baik adalah kunci utama pencegahan. Hindari penggunaan pupuk nitrogen berlebih yang justru membuat jaringan tanaman lunak dan rentan terhadap infeksi. Selalu pantau kesehatan kebun secara berkala, terutama setelah hujan lebat, untuk mendeteksi gejala penyakit sedini mungkin.