Memasuki fase pertumbuhan aktif atau vegetative lanjutan pada bulan kedua hingga keempat, tingkatkan dosis pupuk nitrogen dan fosfor guna memperkokoh batang dan sistem perakaran. Berikan pupuk tunggal atau majemuk sebanyak 100 hingga 150 gram per tanaman setiap bulan dengan cara dibenamkan di alur melingkar sejauh tajuk daun. Pastikan tanah dalam kondisi lembap sebelum pemupukan agar akar tidak terbakar oleh kepekatan hara.
Ketika tanaman memasuki fase generatif atau pembungaan pada bulan kelima dan seterusnya, ubah formula pemupukan dengan mengurangi unsur nitrogen dan memperbanyak kalium serta fosfor. Berikan pupuk tinggi kalium sebanyak 200 hingga 250 gram per pohon setiap sebulan sekali untuk memicu pembungaan serempak dan mencegah kerontokan bunga. Pada musim hujan, aplikasikan pupuk dengan cara ditugal di beberapa titik di sekeliling tajuk agar tidak mudah hanyut oleh air limpasan.
Saat tanaman sudah mulai berbuah lebat, pemeliharaan kesuburan tanah menjadi kunci utama ukuran dan manisnya buah pepaya. Lakukan pemupukan rutin setiap bulan dengan dosis yang disesuaikan dengan ukuran kanopi, serta imbangi dengan pengairan teratur sebanyak 20 hingga 30 liter air per pohon setiap minggu di musim kemarau. Jangan lupa membersihkan gulma di piringan tanaman secara berkala agar nutrisi dari pupuk diserap secara optimal oleh akar pepaya tanpa persaingan.